El Estado colombiano creó el Sistema de Parques Nacionales en 1948, con el fin de proteger y conservar los ecosistemas y las poblaciones de especies de flora y fauna silvestres. El Estado declaró un total de 51 áreas protegidas, de la siguiente manera: 37 Parques Nacionales Naturales, 10 Santuarios de Fauna y Flora, 2 Reservas Nacionales Naturales, un Área Natural Única y una Vía Parque. Estas áreas están destinadas a la conservación, la protección de la vida silvestre y de las fuentes de agua en Colombia, y son administradas por el Ministerio del Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial.
Existen en Colombia, además de estas áreas, varias iniciativas de personas naturales, familias y organizaciones propietarias de tierras rurales dedicadas a la conservación de la flora y la fauna. Entre éstas se destaca la Asociación Red Colombiana de Reservas Naturales de la Sociedad Civil, que cuenta en la actualidad con 232 reservas en todo el territorio nacional. La Red apoya actividades de protección y conservación de la biodiversidad, desarrollo de alternativas de producción ‘sostenible’ y amigable con el ambiente, educación ambiental y la organización de los grupos de ‘Herederos del Planeta’, conformados por niños y jóvenes amigos de la naturaleza.
Amacayacu (Amazonas), Cahuinarí (Amazonas), Catatumbo-Barí (Norte de Santander), Cordillera de los Picachos (Caquetá-Meta), Cueva de los Guácharos (Huila), Chingaza (Cund.-Meta), Chiribiquete (Caquetá-Guaviare), El Cocuy (Arauca), El Tuparro (Vichada), Ensenada de Utría (Chocó), Farallones de Cali (Valle), Gorgona (Cauca), Alto Fragua (Caquetá), La Paya (Putumayo), Las Hermosas (Tolima-Valle), Las Orquídeas (Antioquia), Los Corales del Rosario ( Bolivar), Los Katíos (Ant.-Chocó), Los Nevados (Caldas-Quind. Ris. Tol.), Macuíra (Guajira), Munchique (Cauca), Nevado del Huila (Cauca-Huila-Tolima), Old Providence (San Andrés-Prov.), Paramillo (Ant.-Córd.), Pisba (Boyacá-Casanare), Puracé (Cauca- Huila), Sanquianga (Nariño), Serranía de La Macarena (Meta), Sierra Nevada de Sta. Marta (César-Guaj. Magd), Sumapáz (Cund.-Meta-Huila), Tamá (N Sant), Tatamá (Chocó-Ris), Tayrona (Magd), Tinigua (Meta), Río Pure (Amaz).
Ciénaga Grande de Santa Marta (Magdalena), Galeras (Nariño), Iguaque (Boyacá), Isla de La Corota (Nariño), Los Colorados (Bolivar), Los Flamencos (Guajira), Guanentá-Alto Río Fonce (Santander), Malpelo (Océano Pacífico), Otún-Quimbaya (Risaralda), Corchal Mono Hernández (Bolivar).
Nukak (Guaviare), Puinawal (Guainía).