El Estado colombiano creó el Sistema de Parques Nacionales en 1948, con el fin de proteger y conservar los ecosistemas y las poblaciones de especies de flora y fauna silvestres. El Estado declaró un total de 51 áreas protegidas, de la siguiente manera: 45 Parques Nacionales Naturales, 12 Santuarios de Fauna y Flora, 3 Reservas Nacionales Naturales y 3 Distritos Nacionales de Manejo Integrado. Estas áreas están destinadas a la conservación, la protección de la vida silvestre y de las fuentes de agua en Colombia, y son administradas por el Ministerio del Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial.
Existen en Colombia, además de estas áreas, varias iniciativas de personas naturales, familias y organizaciones propietarias de tierras rurales dedicadas a la conservación de la flora y la fauna. Entre éstas se destaca la Asociación Red Colombiana de Reservas Naturales de la Sociedad Civil, que cuenta en la actualidad con 351 reservas en todo el territorio nacional. La Red apoya actividades de protección y conservación de la biodiversidad, desarrollo de alternativas de producción ‘sostenible’ y amigable con el ambiente, educación ambiental y la organización de los grupos de ‘Herederos del Planeta’, conformados por niños y jóvenes amigos de la Naturaleza.
Alto Fragua (Caquetá), Amacayacu (Amazonas), Bahía Portete – Kaurrele (Guajira), Cahuinarí (Amazonas), Catatumbo-Barí (Norte de Santander), Chingaza (Cund.-Meta), Corales de Profundidad (Bolívar-Sucre), Corales del Rosario y de San Bernardo (Bolívar-Sucre), Cordillera de los Picachos (Caquetá-Meta), Complejo Volcánico Doña Juana – Cascabel (Nariño-Cauca), Cueva de los Guácharos (Huila), El Cocuy (Arauca), El Tuparro (Vichada), Farallones de Cali (Valle), Gorgona (Cauca), Isla de Salamanca (Magdalena), La Paya (Putumayo), Las Hermosas (Tolima-Valle), Las Orquídeas (Antioquia), Los Corales del Rosario ( Bolivar), Los Katíos (Ant.-Chocó), Los Nevados (Caldas Quind. Risaralda-Tolima), Macuíra (Guajira), Munchique (Cauca), Nevado del Huila (Cauca-Huila-Tolima), Old Providence (San Andrés-Prov.), Paramillo (Antioquia-Córdoba), Pisba (Boyacá), Puracé (Cauca-Huila), Río Puré (Amazonas), Sanquianga (Nariño), Selva de Florencia (Caldas), Serranía de Chiribiquete (Caquetá-Guaviare), Serranía de los Churumbelos (Cauca), Serranía de Los Yariguíes (Santander), Sierra de La Macarena (Meta), Sierra Nevada de Sta. Marta (César-Guaj. Magd), Sumapáz (Cund.-Meta-Huila), Tamá (Norte de Santander), Tatamá (Chocó-Ris), Tayrona (Magd), Tinigua (Meta), Uramba Bahía Málaga (Valle del Cauca), Utría (Chocó), Yaigojé Apaporis (Amazonas).
Acandí, Playón y Playona (Chocó), Ciénaga Grande de Santa Marta (Magdalena), El Corchal “El Mono Hernández” (Bolívar), Galeras (Nariño), Guanentá-Alto Río Fonce (Santander), Iguaque (Boyacá), Isla de La Corota (Nariño), Los Colorados (Bolivar), Los Flamencos (Guajira), Malpelo (Océano Pacífico), Otún-Quimbaya (Risaralda), Orito Iingi-Ande (Amazonas).
Los Estoraques (Norte de Santander), Nukak (Guaviare), Puinawai (Guainía).
