En Colombia hay una gran variedad de humedales. Los humedales son ecosistemas acuáticos, pero no son ríos ni lagos. Los ecosistemas acuáticos son: de agua dulce, que incluyen pantanos, lagunas, arroyos, ríos, lagos, ciénagas y madreviejas; de agua salada, como océanos y mares; y otros donde el agua de los ríos y del mar se juntan, conocidos como ciénagas salobres, estuarios y manglares. En cada uno de estos grandes ecosistemas hay una gran variedad de medianos y pequeños ecosistemas, donde viven muchas especies de animales y vegetales. Algunos organismos se adaptaron para vivir en la superficie del agua, otros viven a mediana profundidad y otros en el fondo del agua; algunos prefieren las aguas con mucha corriente, otros, en cambio, viven en aguas tranquilas y quietas.
Colombia es el segundo país del mundo con mayor variedad de especies de plantas y animales que viven en ríos y lagos.
En estos ecosistemas hay abundancia de peces. En aguas de clima frío se encuentran sardinas, capitanes y corronchos; en aguas de clima templado hay sabaletas, mojarras, gupis y briolas; en agua de clima cálido hay bocachicos, bagres, barbudos, escalares y neones.
En época de reproducción, es frecuente que los peces migren desde las ciénagas y bajos a desovar en las quebradas afluentes de los grandes ríos. Este fenómeno se conoce con el nombre de ‘subienda’, y cuando regresan, se denomina ‘bajanza’. Cerca de la superficie de las aguas nadan la picuda y la dorada, que se alimentan de insectos, de otros peces y de estiércol; un poco más abajo, remontan los ríos el bocachico y el jetudo, que se alimentan de lama; y en el fondo se mueven el bagre, el blanquillo, el barbudo y el moncholo, que generalmente son de colores oscuros y carecen de escamas.
Ranas y sapos viven cerca de las fuentes de agua, porque deben mantener la piel húmeda para poder respirar; allí depositan sus huevos, para que se desarrollen los renacuajos. Algunas especies de lagartos, tortugas y serpientes también dependen de los ambientes acuáticos; babillas y caimanes reposan la mayor parte del tiempo al sol y se deslizan por el agua en busca de alimentos. Muchos mamíferos tropicales también están asociados con los humedales: chigüiros y manatíes se alimentan de hierbas y plantas flotantes; delfines rosados, nutrias, chuchas y ratas de agua bucean en busca de peces; los murciélagos pescadores atrapan peces que nadan en la superficie del agua.
En los humedales también viven insectos, como chinches patinadores, cucarachas de agua y efímeras. Libélulas, mosquitos, zancudos, muchas especies de escarabajos y gran variedad de insectos depositan sus huevos en el agua, los cuales se transforman en larvas o ninfas antes de convertirse en adultos, y sirven de alimento a ranas, peces y otros habitantes del humedal.
Garzas, martines pescadores, pollas de agua, mirlos acuáticos, patos y muchas aves migratorias viven o buscan alimento a lo largo de las riberas de los ríos y ciénagas. Algunas aves construyen los nidos sobre los juncos.
